Accedendo all’altare maggiore, disegnato e scolpito da Dionisio Lazzari, dal coro attraverso le due porte architravate ci si immette nel presbiterio, queste porte erano originariamente sormontate dalle sculture lignee di San Pietro e Sant’Aspreno, sostituite poi da statue marmoree dei medesimi santi, e , ai piedi di queste statue troviamo collocati dei puttini che sostengono le insegne pontificali e vescovili dei santi.
L’altare maggiore è composto da marmi policromi commessi, su quest’ultimo si erige un tabernacolo contenente l’effige della Madonna di Pugliano, opera lignea del Trecento, ed è una delle prime rappresentazioni della “Madonna che allatta” , un tempo insieme ad essa era posta in questo luogo anche la Vergine di Pugliano coperta da manto votivo; che secondo leggende e idee folkloristiche la statua proveniva dal mare; ai piedi della Vergine troviamo due putti in legno, di produzione cinquecentesca.
La nicchia è fiancheggiata da due colonne di brulé di Francia con capitelli corinzi che sostengono un timpano spezzato che racchiude un piccolo corpo centrale composto da la Croce e la Colomba dello Spirito Santo scolpite, tra due puttini in marmo che reggono uno un piccolo fascio di gigli e l’altro una corona (vedi fig.38).La zona presbiteriale è sovrastata da una cupola scolpita nel marmo, con disegni di conchiglie di colore verde, è scompartita in otto spicchi da dei dipinti murali recanti al centro il simbolo della Trinità, nei pennacchi invece vi sono raffigurati gli Evangelisti con i rispettivi simboli.
